Perjalanan orang-orang Portugis mengelilingi persisiran barat Afrika membuka laluan baru bagi perdagangan antara Eropah dan Afrika Barat. Menjelang awal abad ke enam belas, tapak perdagangan Eropah, "Logi" ditubuhkan dipersisiran sejak 1445, dan perdagangan dengan Eropah yang lebih kaya menjadi amat penting kepada Afrika Barat. Afrika Utara merosot dalam kepentingan politikal dan ekonomi, sedangkan merentasi Sahara kekal panjang dan merbahaya. Bagaimanapun, pukulan hebat kepada perdagangan merentasi-Sahara adalah Pertempuran Tondibil 1591-2. Morocco menghantar tenteranya menyeberangi Sahara dan menyerang Timbuktu, Gao dan beberapa pusat perdagangan penting, memusnahkan bangunan dan harta benda dan menyingkir warga terkemuka. Gangguan ini kepada perdagangan mendorong kepada kemerosotan teruk bagi kepentingan bandar ini dan pertelingkahan yang terhasil mengurangkan perdagangan dengan banyaknya.

Sunguhpun merosot dengan banyaknya, perdagangan merentasi Sahara berterusan. Tetapi laluan perdagangan ke Afrika Barat menjadi semakin mudah, terutama selepas penjajahan Perancis terhadap Sahel pada 1890-an dan pembinaan jalan kereta api berikutnya ke kawasan pendalaman. Landasan kereta api dari Dakar ke Algiers melalui Sungai Niger dirancangkan tetapi tidak pernah dibina. Dengan kemerdekaan negeri-negeri di kawasan tersebut pada 1960-an, laluan utara selatan terputus oleh beberapa sempadan negara. Kerajaan-kerajaan tersebut turut memusuhi semangat kebangsaan Tuareg dan dengan itu membuat sedikit usaha bagi mengekalkan atau memelihara laluan perdagangan merentasi Sahara, dan Pemberontakan Tuareg 1990-an and dan Perang Saudara Algeria mengganggu laluan perdagangan lebih lanjut, dengan kebanyakan jalan ditutup.

Laluan khalifah tradisional biasanya tanpa unta, tetapi laluan Azalai yang lebih pendek dari Agadez ke Bilma dan Timbuktu ke Taoudenni masih berkekalan - walaupun jarang digunakan. Sesetengah ahli Tuareg masih menggunakan laluan perdagangan tradisional, sering kali mengembara lebih 1,500 batu dan enam bulan setiap setahun menggunakan unta menyeberangi Sahara berdagang garam yang di bawa daripada pendalaman gurun kepada masyarakat dipinggir gurun.[21]